Fu edificata su committenza della Confraternita della Misericordia, presente a Bracciano fin dal XVI secolo e nata come affiliazione della Confraternita di San Giovanni Decollato dei Fiorentini, costituita alla fine del Quattrocento a Firenze.

La confraternita, chiamata anche compagnia della Buona Morte, si occupava di confortare i condannati a morte negli ultimi momenti di vita e di dare loro una degna sepoltura.

La prima chiesa, costruita all'inizio del Seicento su commissione della Confraternita, fu successivamente demolita e riedificata nel 1632. Essa ha una semplice struttura ad aula; sull'altare centrale si trova una tela ad olio di ambito caravaggesco, databile tra la fine del Seicento e l'inizio del Settecento, raffigurante la Decollazione del Battista.

Le pareti laterali sono decorate con pitture monocrome del XIX secolo.